Сюжет:
15 Лет назад на деревню нинзя Коноха, что находится в Стране Огня напал, Девятихвостый Демон Лис. После долгой битвы, Четвертый Хокаге ценой своей жизни сумел запечатать Лиса в новорожденном младенце – Узумаки Наруто.
Шли годы. Наруто вырос и с некоторым трудом закончив академию попал в одну команду с главной заучкой класса Харуно Сакурой и лучшим выпускником года и последним потомком одного из сильнейших кланов – Учихой Саске. Командование над ними взял Хатаке Какаши, известный далеко за пределами Конохи как Копирующий Нинзя.
Едва команды успели немного сработаться, было объявлено о начале проводимого два раза в год экзамена на звание Чунина и в Коноху съехалось множество геннинов из разных стран, желающих принять в нем участие. Все выпускники последнего года были наминированы сенсеями на сдачу этого экзамена и все они прошли первый, письменный, тур.
Во время второго этапа, притворившись одним из претендентов, в деревню проник Орочимару – преступник класса S, один из великих Саннинов и бывший ученик Третьего Хокаге. В лесу смерти он напал на команду Наруто и поставил Саске проклятую печать (тем самым едва не отправив на тот свет), увеличивающую силу. Сообщив что этот подарочек ни что в сравнении с тем, что младший Учиха может получить если перейдет на его сторону Саннин исчез, предоставив Саске сделать выбор самому.
Благополучно пройдя второй тур геннины получили передышку в месяц, для совершенствования своих техник перед третьим туром. Наруто познакомился с вернувшимся после долгого отсутствия в Коноху Джираей – еще одним Саннином и бывшим другом Орочимару. Обучившись у него нескольким техникам Наруто смог выиграть свой бой против Нейджи в третьем туре, но экзамен был прерван. Скрытая деревня песка разочаровалась в заключенном несколько лет назад с Конохой мирном договоре и Орочимару сыграл на этом, спровоцировав нападение на Скрытый лист. В ходе сражения Деревня Скрытого Листа была наполовину разрушена, но все же смогла отразить атаку и победить. Однако без потерь не обошлось. Многие были ранены, а Хокаге деревни погиб от рук Орочимару.

Спустя некоторое время после этих событий в деревню проникают двое представителей организации, состоящей из преступников S-класса и именуемой - Акацки. Одним из них оказывается бывший джоунин Конохи – Учиха Итачи, второй, таинственный шиноби Скрытого Тумана, один из Семи Мечников – Хошигаки Кисаме.  Целью их организации является сбор  девяти "хвостатых демонов" запечатанных внутри людей. И первой целью становиться Узумаки Наруто. Благодаря своевременному вмешательству Какаши, попытка захвата Наруто в селении проваливается, однако сам копирующий ниндзя после техники итачи впадает в кому. Кроме того Саске узнаёт о возвращении брата и начинает преследование. Тем временем Джирайя уводит своего нового ученика на поиски легендарного медика-шиноби и одного из Саннинов, хозяйки Слизняка Цунаде Химе. В одной из деревень Джирайя удаляется для сбора информации, оставляя Наруто тренироваться в одиночестве, тогда его и настигают Акацки. Но и здесь их планам не суждено свершиться. Помехой становиться неожиданно появившийся Саске. Он выигрывает достаточно времени чтобы Джирайя понял свою ошибку, и вернулся в самый последний момент. Акацки вынуждены отступить, однако психологическая травма Саске (очередная) слишком тяжёлая, поэтому подоспевший на помощь Джоунин листа Майто Гай забирает его обратно в Коноху.
В результате своих поисков Джирайе и Наруто удаётся найти легендарного саннина Цунаде и она по просьбе совета Конохи становится – Пятым Хокаге Скрытой Деревни Листа.